肝内胆管结石病的主要病理改变是胆道梗阻和感染；由于肝胆管系统与肝脏实质细胞的直接关系，重症肝胆管炎常伴有严重的肝细胞损害，甚至导致大片的肝细胞坏死，成为了良性胆道疾病死亡的主要原因。肝内胆管结石的并发症包括急性期并发症和慢性期并发症。
急性期并发症肝内胆管结石病的急性期并发症主要是胆道感染，包括重症肝胆管炎、胆源性肝脓肿及伴随的感染性并发症。感染的诱因与结石的梗阻和胆道的炎性狭狭窄有关。急性期并发症不仅死亡率高，而且严重影响手术效果。
慢性期并发症肝内胆管结石病的慢性期并发症包括全身营养不良、贫血、低蛋白血症，慢性胆管炎和胆源性肝脓肿，多发性肝胆管狭窄，肝叶纤维化萎缩，胆汁性肝硬化、门脉高压症，肝功能失代偿，以及与长期胆道感染和胆汁滞留有关的迟发性肝胆管癌。肝内胆管结石病的慢性期并发症既增加了手术的困难，也影响手术效果。
肝内胆管结石手术就是部分肝叶切除术，在临床中常见有下述并发症：
1、麻醉意外，导致呼吸、心跳骤停，危及生命。
2、手术中损伤周围大血管，造成大出血，危及生命。
3、肝内胆管结石部分肝叶切除后引起的一系列临床症状，并发率约为50-60%，具体症状有：顽固性腹泻、腹胀、恶心、呕吐、厌油等消化不良症状及全身乏力、面色苍白、神情倦怠等营养不良症状，目前，这类并发症尚无有效治疗方法。
4、手术中损伤周围相邻脏器，如：肝脏、胰腺、胆总管、胃、十二指肠等，从而造成相应脏器的功能受损，严重者可引起致命后果.
5、手术后，加剧肝胆的协调功能紊乱，使形成结石的病因进一步严重，从而在其它肝内胆管，胆总管等位置形成新的结石。
6、手术后反复发作的肝内胆管炎、胆总管炎不仅可继发肝脓肿、胆道出血、胆源性胰腺炎及败血症等急性危重并发症。
7、手术后还可引起肝内胆管壁、胆总管壁炎性增厚扩张、管腔狭窄、管道成角畸形，甚至出现串珠状扩张与狭窄相间，从而使清除结石愈加困难，即使暂时除净也极易复发。
8、临床验证，若此种病理状态长期存在，还将引起胆汁性肝硬变、门静脉高压症及肝衰等严重后果。
9、肝内胆结石术后病人肝癌、胰腺癌、结肠癌发病率较正常人明显增高。
